某天，在主角安藤林檎（あんどうりんご）就讀的學校上空，發生了奇妙的現象，而且還掉落了好多好多的魔法氣泡（ぷよぷよ）！藉由不知從何處到來的在學魔導師亞露露（アルル）的幫忙，林檎獲得了消除氣泡的方法，也開始在校內進行了一場場的氣泡勝負……！

本作除了會有大量的系列作角色登場之外，還增加了全新規則──「大變身（だいへんしん）」，只要將變身計量表累積全滿，就會進入分為「小氣泡狂熱（ちびぷよフィーバー）」跟「大氣泡狂潮（でかぷよラッシュ）」兩種類的變身模式；而角色造型也會隨著變身模式不同，而有小不點可愛造型跟正常造型的差別喔！另外，初代魔法氣泡、魔法氣泡通、魔法氣泡狂熱版，或解謎氣泡等熟悉的系列作規則與模式，也會一併收錄其中。