緋村劍心是日本19世紀的傳奇劍客，在動盪的幕府末年捲入爭鬥中，曾是令人聞風喪膽的「千人斬拔刀齋」，在「新時代」來臨後過著和平的生活。

當志志雄真實接替劍心成為「影子殺手」後，因為知道太多新政府的骯髒事，在新時代崛起之時，被人刺傷後放火焚燒，然而他存活下來，全身包裹著繃帶，自此在京都黑社會集結叛變的前武士，以推翻新政府為目標。

劍心答應新政府的請求來打敗志志雄，離開東京的好友前往京都。他的劍術及智慧與志志雄不分軒輊，但目標卻大相逕庭，劍心能保護國家，又堅守他的不殺之誓嗎？