2004年，這是最壞的年代
陳永仁（梁朝偉飾）被殺後10個月，劉建明（劉德華飾）被警隊內部調查，架空職權，被派無關重要的庶務工作！與妻子Mary的婚姻破裂，連與一歲女兒見面的機會也沒有。身心俱疲的劉建明，每日的生活雖像走向地獄一樣，但他相信堅持就會扭轉局面！
這時，警隊內，一顆明日之星正在崛起，年輕警司楊錦榮（黎明飾）憑著一頁頁豐功偉績，以不到四十之齡，正邁向警隊最高層；劉建明看在眼內，仿似看見以前的自己！一次機緣，劉建明與楊錦榮結為好友，卻發現楊錦榮神秘的一面。一個韓琛的內鬼在楊錦榮面前自殺身亡，劉建明推測楊錦榮可能和自己一樣，都是黑幫派入警隊的臥底！
就在劉建明對楊錦榮展開追查之時，劉建明發現被一個傷殘的神秘人日夜跟蹤，從韓琛的內鬼方面，劉建明竟發現神秘人竟是韓琛舊日的生意拍檔：沈澄（陳道明飾），此人還與楊錦榮有著千絲萬縷的關係。決定重新做人的劉建明千辛萬苦找到一個又一個證據，一方面既要置楊錦榮於死地，一方面卻要提防自己身份曝光，驚險重重。可是每次最接近真相的時候，總是功虧一簣！更被楊錦榮和沈澄迫至死角。
一次又一次打擊，漸漸，劉建明覺得楊錦榮根本毫無可疑，漸漸開始懷疑自己……
2001年，這是最好的年代
陳永仁跟隨韓琛（曾志偉飾）已有兩年時間，可是韓琛根本從來不會輕易相信任何人，只派一些雞毛蒜皮的工作給仁！為了得到信任，陳永仁不惜以身試法，一次又一次犯上違背自己的罪行。
日子有功，韓琛終於相信陳永仁，更派他與一大陸神秘商人沈澄接洽，準備與之展開內地沿海走私網路，可是這盤生意背後，韓琛暗藏禍心，令陳永仁與沈澄之間衝突連場，陳永仁幾次死裏逃生，更引來保安科楊錦榮的咄咄相迫，四面受敵。
上司黃志誠（黃秋生飾）發覺他已漸失控，千方百計要拉陳永仁出局，兩人之間勢成水火！陳永仁也漸漸迷失了自己，直至遇上Dr. Lee（陳慧琳飾）。因為一次嚴重的暴力罪行，陳永仁被判進行心理輔導，本來陳永仁就無視法庭的判決，只是負責這個案的Dr. Lee苦苦相纏，陳永仁終被說服，接受治療。
在催眠治療期間，陳永仁夢中洩露了真正身份，Dr. Lee半信半疑間，對陳永仁發生了興趣！一個清醒的女人，和一個沉睡的男人之間，微妙感情油然而生！韓琛又派下一個任務，與沈澄走私集團對決，陳永仁知這是最後一個機會，為了得到韓琛最終的信任，陳永仁決定背叛黃SIR，冒著被楊錦榮追捕、沈澄集團追殺，大開殺戒……結果竟是另一片天空！
劉建明走向地獄，陳永仁走向天堂！兩個員警都想重新做人，最後結局，將會為無間年代劃上句號！ |
