故事是以「阿爾雷碧斯」學園為舞台。曾經是鍊金術的最高學府，座落於漂浮在空中的一座島，許多人都想進入該學園學習鍊金術，卻不得其門而入。然而近年來，由於教育者的資質低落，在畢業後能真正成為鍊金術士的學生人數也減少了。再加上擁有鍊金才能的人也逐年減少中，使得這間以鍊金術聞名的學園漸漸地沒落了。

　於是學園方面決定改變經營的方針，不再侷限於鍊金術，也分別開設了戰鬥、政治相關的課程，並且也不過濾的大量招攬學生。雖然一開始這樣的經營方針曾遭人以冷眼相看，但是因為學生人數的增加，學園也恢復了以前的生氣。

　玩家必須扮演兩位主角的其中一位，以畢業為目標進入這所學園學習。要畢業就要取得學分，若是因為成績不好而無法取得學分，還必須靠補習來通過。相反的成績好的話則會有更多的自由時間，可以埋首於道具的調和。遊戲中也有些課程需要調和道具，對於成績也會有影響喔。

　在戰鬥系統方面，則是設計成讓新手也能簡單上手，而改良的部分可以讓玩過前作的玩家更充分享受到樂趣。前作大受好評的援助攻擊、防禦當然也還健在，再加上本作初登場的「親密攻擊」讓戰鬥更加的深奧。而且在滿足一定條件後，便會發生「聯手模式」，這種情況下就能發動「終結攻擊」的必殺技給予敵人重創！