《最高指揮官 2》遊戲設定於終極戰爭結束後 25 年，剛當選的防禦同盟總統卻遭到暗殺，使得原本恢復和平的宇宙再度爆發衝突，三大勢力賽伯安民族、萬世皇族和聯合地球聯盟交相指責，戰爭迫在眉睫。　　

玩家將扮演三大勢力之一的指揮官，分別為賽伯安民族、萬世皇族和聯合地球聯盟，捲入這充滿衝突的星際戰爭中，每一個勢力都有其豐富、獨特的故事，豐富了即時策略類型遊戲的故事性。

新一代《最高指揮官》具有多種強化的遊戲內容，深度的戰役模式、支援線上多人對戰與獨特的故事線，希望開創即時策略遊戲的新面向。《最高指揮官 2》具有大規模的激烈戰鬥，玩家在遊戲中將可發動戰爭、配置自己專屬的軍隊，體驗未來的武器與機器人，玩家的戰略將可能影響各勢力間的平衡。

玩家可以探索角色導向的單人戰役，每個戰役將提供 18 個任務，當然也可以連線使用多人模式，與來自各地的玩家盡情開戰。遊戲強調大規模的戰鬥，玩家將在龐大的領土開戰，不管是陸軍、海軍、空軍都將帶來壯觀的視覺感受。

遊戲相當強調未來單位的設計，玩家可以感受新武器、新科技的魅力，並且將這些這些未來單位部署在戰場上，例如讓原本普通的坦克進化升級為高戰鬥力、對空坦克等多用途戰鬥單位。玩家甚至可以在特定時刻部署實驗性戰爭武器，有機會扭轉戰局。