由 2K Marin's 研發的《生化奇兵 2》故事背景設定在《生化奇兵》一代事件發生後的 8 年，海底城（Rapture)仍矗立在海底，接續者、小妹妹、大爹地持續在海底城存活，玩家此次扮演角色也將更加聰明與強悍，但遊戲出現了新的對手—大姊姊（Big Sister）。

　　在一代的故事當中，玩家在一次空難時，發現了到達「Rapture」的方法，而「Rapture」城市，則是由「Andrew Ryan」所建造的，他想要建造一個無憂無慮的海底城，並且也確實完成了夢想。但在一次發明中，偶然發明出了一種「Plasmid」的藥物，當使用了這個藥物後，人類的身上就會出現各種特殊能力，海底的人們，瘋狂的使用這種藥物，導致精神異常，也造成了「Rapture」毀滅。在「Rapture」裡，存在許多類似複製人的小女孩(Little Sister)，這些小女孩身上，會產生 Adam  的能量，可以強化特殊能力，她們的身邊總會有一個叫做Big Daddy的大巨人保護著，卻從來沒有人知道這些 Big Daddy 的真實身分。

　　而二代，玩家一開始就會扮演一個莫名的 Big Daddy，因為責任心的關係，他回到了「Rapture」，發現有人專門在綁架小女孩。而綁架的人，是一個操作類似機器人的特殊小女孩，所以他開始負起拯救這些小女孩的責任，變成了 Big Daddy，玩家在二代當中，將有機會了解，Big Daddy 的由來…。

　　二代延續了精緻的畫面效果，甚至有更多展現特效的畫面，包括更多的爆破效果、燃燒效果、水面效果等等，更讓玩家為之驚豔！

　　除了畫面之外，二代追加了許多和背景及 NPC 互動的部分，除了與 LittleSister 的互動之外，也可以和許多怪物「互動」，當然啦！可不是和他們聊聊天，而是把他們打飛到插在牆壁上，或是淹死在水裡。二代當中，將有更多可以殺死怪物的方法，同樣的，玩家可以運用「Plasmid」藥物，使用各種超能力，消滅敵人，而超能力也增加了許多特殊能力，讓你有更多方法可以屠宰敵人。

　　二玩家將可以和其他玩家，在海底進行一場廝殺，這也是許多玩家最期待的！用自己的超能力來和其他玩家對戰！目前所知，玩家將可以和其他玩家進行生死大亂鬥，或是團隊亂鬥，其他更多遊戲模式，將會慢慢推出。

　　在多人連線裡，玩家可以使用單機版所有的武器以及超能力，並且可以設定許多陷阱來陷害對方。當然，環境的設定在多人連線當中，還是會有效果的，例如對方站在水上時，如果你用放電的超能力射擊水面，對方會因為導電的關係，出現一陣麻痺無法移動，或是在油上面點燃火焰等等，讓多人連線有更多的樂趣。

　　玩家將會擁有更多種不同的武器，包含 Big Daddy 使用的重型武器等等，當然，敵人也會有更多種突變，大多是一代沒有出現的敵人，有速度非常快、可以爬牆、或是像坦克一樣橫衝直撞等等，各種特殊敵人，在海底向你襲來；另外，二代也有更多種不同的冒險地區，甚至會有在深海「漫游」的場景。