《黑影之塔》講述一位沒有姓名甚至沒有真身的少年之影的冒險故事，玩家將操作少年的影子在影子的世界中移動，目標是攀登「漆黑之塔」的頂端。為什麼少年要攀登高塔？神秘的漆黑之塔中隱藏著什麼樣的秘密？

　　身為少年之影，在遊戲中只能夠在真實世界中物體所產生的影子上移動，卻無法觸碰任何真實世界的物體，冒險只能在光與影的界線上進行。

遊戲主角：少年的影子

　　遊戲的基本進行方式是操作主角在物體、牆壁或地面上的投影上進行移動，但影子與其產生的物體之間也會產生影響，利用這些影子的變化才能順利前進。例如，在影子的世界中搬動機械的操作桿，那麼真實世界中的操作桿同樣將會被開啟，機械便開始運作。

　　遊戲中主角還有一位同伴，它就是神秘的黑蝶（クロアゲハ）妖精。與主角不同，妖精可以在現實世界中直接接觸物體，在主角無法找到影子前進的場所，可透過妖精對現實物體的移動而產生新的影子。例如有相聚很遠的兩個箱子的影子，普通狀態下主角無法從一個箱子的影子上跳躍到另一箱子的影子上，此時妖精可以移動掛在屋頂的燈泡，隨著燈泡的移動，箱子的影子也同時移動，此時產生的最近距離便可以使主角通過。