在《末日之戰 2》中，紐約正受到看起來獨特又令人驚恐的外星生物攻擊，它們具備致命的武器、驚人的感知能力與智慧，將成為玩家在第一人稱射擊遊戲中最具挑戰性的對手。玩家在遊戲中將被廢墟所圍繞，必須善加評估他們所面臨的的狀況、來適應這個都市叢林，並且善用武器與力量來拯救紐約市。

　　《末日之戰 2》遊戲中，外星生物藉由全面侵略武裝重返地球，只為了要全面摧毀人類。在紐約市的街頭，令人恐懼的外星侵略者，把瘟疫以迅雷不及掩耳的方式感染給當地居民。整個紐約市的公共系統陷入混亂，街道與摩天大樓面目全非，到處都是遭火焰吞噬的廢墟。唯有現今任何士兵從未見過的高科技，可以帶領民眾渡過此死亡風暴；玩家將身穿二代奈米裝備、具有生存方法的人，將身處於紐約的都市叢林中，拯救人類免於滅亡。