《蜘蛛人：時間裂痕》主要設定在兩個相互連結、不斷演進的時間軸上，從現今的驚奇蜘蛛人（Amazing Spider-Man），以及《蜘蛛人 2099》中已頹圮的未來世界，都將由《蜘蛛人 2099》漫畫系列共同創作者 Peter David 來進行故事雕琢，為玩家塑造一個豐富又艱難的遊戲世界。玩家將扮演這兩個時間軸上的角色，為了導正出錯的時間軸而戰鬥，以防止未來發生毀滅性的災難及 Peter Parker 的提早死亡。

　　遊戲導入了全新的「因果」系統，玩家將會看到他們的行動是如何如何快速且出乎意料地影響了另一個時間軸上的蜘蛛人。