遊戲以飄浮於天際、受女神祝福的天空群島「天空閣樓（Skyloft）」為冒險起點。在天空閣樓營生的居民，會與自己的守護鳥兼坐騎「閣樓鳥（Loftbird）」一同生活。遊戲中玩家將扮演居住在天空頂樓的騎士學校青年學生林克（Link），為了在測試人鳥默契的「乘鳥儀式」中獲得優勝，從扮演女神的青梅竹馬少女薩爾達（Zelda）手中接過意義重大的禮物，而不斷磨練身手。

　某天夜裡，幻化為人形的傳說聖劍「天空之劍（Skyward Sword）」精靈「菲（Fi）」出現在林克面前，傳達給他重大命運的訊息。在菲的引導下，林克朝向雲海底下被魔物佔據的未知大地「海拉爾（Hyrule）」出發，展開全新冒險，解開「主宰神劍（Master Sword）」的由來之謎。