《狙擊手：幽靈戰士》的故事發生在一個叫做Isla Trueno的南美小島上。島上的Vasquez將軍率領其軍隊推翻了當地民主政府，試圖控制整個小島。而玩家作為隱蔽突擊隊的一員，需潛入敵軍的大本營，一舉推翻這個不合法的政府。據可靠消息指出，Vasquez將軍將在一個舊的精煉廠與他的同伙們共同參加一個會議，而這也將是進行暗殺的絕佳機會。但是就當突擊隊到達了這個小島的時候，整個計劃都已經亂了。突擊隊成員們需要運用自己卓越的戰鬥技巧和高超的求生能力完成任務。

　　現實感是《狙擊手：幽靈戰士》的核心所在。而整個游戲都基於一個完全真實的彈道系統上。射擊的距離、重力作用導致的子彈偏移、風向等環境因素都會影響到射擊的准確性。同樣地，茂密的叢林也為玩家的隱蔽狙擊提供了屏障，而其他組員也可以客串“偵查員”，來為玩家指明目標的詳細位置。玩家們必須控制自己狙擊手的呼吸頻率，以便提高射擊準確度。同時，〝子彈時間〞系統也可以使鏡頭追隨子彈到達他們的目標。

　　整個任務跨越了16個階段。從一開始精煉廠的暗殺嘗試到鑽井塔，再到礦井，再到海岸，再到廢墟。整個過程中，游戲情節也在不斷地給玩家帶來驚喜。每一關都提供了逼真的游戲環境，叢林中沙沙的樹葉摩擦聲可以讓玩家一直保持警惕。當敵人破壞掉掩體並使整個小隊暴露在開放空間後，游戲也可以展現出精彩的槍戰情景。