《潛龍諜影 5：原爆點》，是收錄由《潛龍諜影》生父「小島秀夫」所親手開發的《潛龍諜影 5：幻痛（METAL GEAR SOLID Ⅴ: THE PHANTOM PAIN）》的序章作品，描述 5 代整個故事的開端發展。遊戲採用開放世界的玩法，玩家可以自由選擇潛入的路徑、攻略的方式和脫逃的路線等多元玩法，並且體驗追求擬真畫面的「寫實照片」風格來展示世界觀，追求刺激的臨場遊玩體驗。

故事

冷戰的緊張進入了緩和階段、越戰也朝向了結束的 1975 年。

在加勒比海外海隱藏據點，存在著不隸屬於任何國家的軍隊。這支軍隊的指揮官是被稱為 “ Snake ” 的男子，持續接受世界各國不能公開的任務的委託，不斷增強著兵力，終於到持有核能的規模。

不知道誰從哪將這份情報洩漏出去的緣故，IAEA（國際原子力機構）對他們申請了查看核能設施的要求。

對於不僅沒有加盟 NRT（核擴散防止條約）更連國家都算不上的他們，對於 IAEA 的意圖感到相當驚訝。

同一時間、 Snake 獲知了一份消息。以前曾與 Snake 戰鬥過，且生死不明的女工作員『帕姿（еЗ）』還活著，且於古巴南端設置的美軍基地內接受拷問。由於基地位於租借地區內，古巴及美國的法律皆無法使用於此。想必她接受非常殘酷的拷問。委身於 Snake 部隊之中，且對帕姿有著特殊情感的少年奇哥、得知了帕姿身處險境，不但逞強還單槍匹馬的前往該基地想救出帕姿。

過了不久，從被抓住的奇哥向 Snake 求援的無線電訊息傳來。背對著即將要接受核能檢查的母基地，Snake 決定為了要救出帕姿及奇哥而前往古巴。

但這個決定，竟讓 Snake 之後的命運，走向慘劇的開端―。