美國總統遭到神祕刺殺後，X教授的訓練學校被史提克將軍下令突擊，並逮捕數名學生。史提克將軍的意圖令X教授感到困擾，加上一種會令變種人致命的全新病毒被人類研發出來，引爆兩族群間的仇恨與戰火。邪惡變種人領袖萬磁王，為完成終極的報復行動，為維繫變種人的生存，決定向X教授投誠。面對人類與變種人之間的宿怨與仇恨，一場終難避免的大戰即將開打了…

在第一集已經出現過的成員包括有派屈克史都華（X教授，全世界心電感應最厲害的）、休傑克曼（金鋼狼，無人能出其右的戰鬥機器，全身上下都是武器，有自癒的能力）、伊恩麥克連（萬磁王，特殊能力強大的變種人，可以移動一切金屬物體）、荷莉貝瑞（暴風女，可以呼風喚雨）、芬姬詹森（琴葛雷，有心電感應及隔空取物能力）、詹姆斯麥登（獨眼龍，張開眼睛就能發射雷射光，穿透一切）、安娜帕昆（小淘氣，可以乾坤大挪移並吸取他人能力）、蕾貝卡羅明史黛摩絲（魔形女，可變身成任何人）、和布魯斯戴維森（參議員凱利，上次反變種人行動的發起人）。

上集中驚鴻一瞥的冰人--巴比杜克，由尚恩艾希摩飾演，他是小淘氣的同學，可以壓低自己身體的溫度到冰點，他在這一集中會是新一代的X戰警之一。

新加入的亞倫康明飾演「藍魔鬼」，有念力、會爬行，造型特殊；布萊恩寇克斯飾演無惡不作的「史崔克將軍」，退休的高級軍官，手中握有金鋼狼的身世真相以及X戰警的未來；胡凱莉飾演史崔克將軍的追隨者兼左右手-「死亡女」；亞倫史丹佛飾演「火人」，他是X教授的新學生，武功高強，能操縱火，靠著火線推進力來攻擊。