《哥吉拉》動畫電影三部曲系列最終章。

晴生等人以奈米金屬為武器，跟「哥吉拉•Earth」決一死戰再度敗北，青梅竹馬的優子被強制奈米金屬化而陷入腦死狀態，人類也因機械哥吉拉組成的武裝都市淪陷而感到絕望。另一方面，艾克西夫一族的梅德菲斯將晴生自戰鬥中生還一事奉為奇蹟，藉此順利增加不少信徒，但這一切只為了隱藏艾克西夫一族的「究極目的」。感到梅德菲斯有異心的瑪依娜、蜜雅娜，對他保持警戒，並要晴生捫心自問「身為『人』應當做些什麼？」

「哥吉拉•Earth」稱霸地球，已找不出能與之匹敵的對手，然而此時，出現了全身纏繞著金色光芒的「基多拉」，撼動天地的超次元大戰即將展開……

「哥吉拉」究竟是何物？人類又該何去何從？晴生一行人的未來又將如何呢？