《使徒行者》原班人馬再度合體，前進香港、緬甸、西班牙等地取景拍攝。

《使徒行者2：諜影行動》故事描述在香港市中心發生一起嚴重交通意外，刑事情報科（反恐）警司葉國帆（吳鎮宇 飾）和總督察程滔（張家輝 飾）逮捕一名女駭客。

保安部警司井進賢（古天樂 飾）認為葉國帆和程滔的逮捕行為非常可疑，向警務處處長要求禁止兩人插手案件。調查範圍擴展到緬甸和西班牙，井進賢和程滔在多次的合作中產生矛盾，而在葉國帆的眼裡，這兩個人忠奸難分，警界高層則是認為葉國帆顛倒黑白，懷疑大量臥底黑警滲入警隊，需深入某神秘組織調查事件。可是，警隊內人人皆有可疑，女駭客的口供裡也帶著誤導性，讓警隊高層更覺得霧裡看花，不曉得誰正誰邪……