自願將特殊能力SPEC封印的當麻紗綾（戶田惠梨香 飾）並未因此迎來安定的生活，隨著一宗神秘海難的發生，當局為對付SPEC持有者的「簡單計劃」亦逐漸曝光，並相繼引出涉及世界末日與謎樣的古代預言。

同時，死去多時的最強SPEC持有者陽太（神木隆之介 飾）突然復活，並挺身而出帶領SPEC持有者與當局對抗。陽太一方面發動襲擊擄走警視總監及內閣情報調査室特務員的女兒，另一方面親自現身未詳總部，遊說當麻紗綾與他合作。

當麻紗綾坦言已將SPEC封印，再不是SPEC持有者，而且身為刑警，有責任制止陽太，二人終於正式決裂，並且進入最後決戰…