瀨文（加瀨亮 飾）在經過與當麻的弟弟（神木隆之介 飾）惡戰之後，身受重傷，險些喪命。於此同時，各國政要齊聚一堂秘密商討「簡單計畫」的會議上，一位日本代表突然宣布他將以自身性命代表SPEC持有者正式向人類宣戰。

瀨文得知消息急急出院，予當麻（戶田惠梨香 飾）一同展開調查行動，另外一批組原則動員追查簡單計畫病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登場，殘酷的殺戮更是從未停止，慘烈浩大的人種戰爭即將拉開序幕……