《惡靈古堡 3 重製版》跟《惡靈古堡 2》同樣以拉昆市為背景，敘述倖存的 S.T.A.R.S. 幹員吉兒・華倫泰深入調查保護傘公司陰謀的冒險。在《惡靈古堡 2 重製版》里昂・S・甘迺迪和克蕾兒・雷德菲爾到訪拉昆市的二十多個小時前，《惡靈古堡 3 重製版》的帷幕已於當地揭開。
位於美國西北部的城市「拉昆市」隨著國際製藥企業保護傘公司的崛起一同發展，保護傘公司表面上標榜其對公共醫療和福祉的貢獻，實際上卻擁有開發生化兵器的陰暗一面。前往調查事件的警察特種部隊 S.T.A.R.S. 雖然陷入了崩解邊緣，但仍成功查出生化災害的原因正是製藥公司保護傘所洩漏的生化兵器「t - 病毒」。面對城鎮中擴大蔓延的病毒感染，吉兒再次決心要存活下來。但吉兒並不知道，為了消滅一切，最強的使者已經被釋放出來…… |
