手持長鞭、頭戴招牌軟呢帽， 家喻戶曉的考古學冒險家－印地安納瓊斯， 睽違將近二十年之後再現江湖∼
時間來到1957年冷戰高峰期，電影一開始偉大的冒險家印第安瓊斯（哈里遜福特飾），與助手麥克（雷溫斯頓飾）在美國西南荒野沙漠一個偏僻的機場，正與蘇聯間諜展開一場邀烈的追逐。
千鈞一髮逃離蘇聯特務的魔掌的瓊斯教授，好不容易全身而退回到校園，他的摯友及大學院長（《納尼亞傳奇》吉姆布洛班特飾）就告訴他，他最近的活動已經引起各路人馬的疑心，政府正施壓要求學校開除瓊斯。
接著，瓊斯就在路上遇見了年輕人馬特（薩拉比夫飾），這個身穿時髦服裝騎著重型機車的小子，雖然他對印第安納瓊斯有莫名的仇視，但也向瓊斯教授提出請求，一同前往尋找考古的大發現－傳說中的”阿卡特水晶骷髏”（The Crystal Skull Of Akator）。
他們一同來到秘魯森林的古代墓地，尋找傳說中的黃金城，但很快的他們就發現自己之外，還有別人尾隨在後，原來蘇聯特務也想取得水晶骷髏。由冰山女間諜艾琳娜史波可（凱特布蘭特飾）領軍的蘇聯精銳部隊，為了得到寶物讓蘇聯帝國就能統治全世界，全然不計手段的追逐著他們..。
為了阻止神秘古物落入蘇聯手中，瓊斯與馬特必須突破各種阻礙，展開他們的冒險旅程，在這條前往古墓的山路上，處處是危機，到處都是各懷鬼胎的好人或壞人，更重要的是，他們必須設法不讓威力強大的水晶骷髏落入壞人的手中。 |
