Banpresto 公司正式發表PS2新作《超級機器人大戰 特勤指揮官 The 2nd》（Super Robot Taisen Scramble Commander the 2nd），本作是2003年11月發售的PS2遊戲《超級機器人大戰特勤指揮官》的續作，預定於2007年11月1日發售，售價為7329日元。

《超級機器人大戰 特勤指揮官 The 2nd》依舊是指揮真實比例機體作戰的SLG遊戲。本作比前作進化之處在於，每場戰鬥能夠參戰的機體為最多8台（前作最多5台），機體無論是在戰鬥時、移動時都可以自由的進行變形（前作無法變形）。

本作的登場作品有《超獸機神Ф⑦ヱみヮ》、《聖戰士Ф⑦дユ⑦》、《機動戰士Z高達》、《機動戰士高達 逆襲的夏亞》、《新機動戰紀W Endless Walts 》、《機動戰士高達 SEED DESTINY》、《сЖ⑦ヮみZ》、《ヲяみЬсЖ⑦ヮみ》、《ヴЧУみЬпG 》、《超電磁機器人ヵ⑦·дЬьみV》、《勇者ьユЫュみ⑦》、《超時空要塞劇場版愛·れニりサゆネエろ》、《超時空要塞 零》、 《神魂合體ヶみФ⑦Юみ!!》、《ьみКиル⑦》。其中《機動戰士高達 SEED DESTINY》、《超時空要塞劇場版愛·れニりサゆネエろ》、《超時空要塞零》、三款作品首次參戰《超級機器人大戰》系列。