《瑪娜傳奇 ∼學校裡的煉金術士們∼》是一款以GUST公司《工作室》系列風格的全新煉金術RPG遊戲。與《工作室》系列相同，本作的故事是發生在存在煉金術的幻想世界，遊戲的舞台是一所學校，講述「青春期的少男少女們探求自我」的故事。

遊戲流程是以學校生活為中心展開，學生們需要在學期內通過完成課題來獲得成績，並取得必要的單位，否則就要面臨補習。遊戲以學期為單位進行區分，如果以優異的成績盡快取得所需單位就可以更多的擁有學期賸餘的自由時間，在自由時間內可以交友、研究煉金術等。學期內的課題除了取得單位所必要的課題之外，還有團隊角色所限定的角色課題。完成課題可以增加與該角色的親密度。《工作室》系列所不可缺少的「道具調合」系統依然健在。通過獲得配方而學會道具的製作方法，再在遊戲的世界中尋找必要的材料最終合成道具。本作還將增加與同伴協力的道具調合方法。