《雷霆任務 Online》以《雷霆任務》系列遊戲的世界觀為背景，敘述近未來的世界，由各區域國家所聯合而成的大型聯邦所掌握，產生一連串的零星衝突，各國於是都投入人型裝甲機器人武器「Wanzer」的開發，故事就在人型裝甲機器人與操縱者血淚所交織而成的各場戰役中展開。

　　《雷霆任務Online》的舞台設定在虛構的赫夫曼島（Huffman Island）上，與初代的《雷霆任務》相同，該島是 1995 年才從海底壟起的新生島嶼，由於島上礦藏豐富，故引來 O.C.U. 與 U.S.N. 兩大勢力介入，並爆發多次衝突與紛爭。

　　遊戲的時代背景便發生在 2090 年的第二次赫夫曼紛爭，玩家可以選擇投入 O.C.U. 或 U.S.N. 兩大勢力之一，靠著與敵對勢力不斷的戰鬥，提昇自己的能力與階級，並持續改造提昇自己的裝甲機器人的能力與武裝，投入戰場。不只是單打獨鬥，玩家並可以與同勢力的玩家組成小隊，以團隊的力量來對抗敵對勢力的玩家。