本片改編安徒生童話，日本動畫大師宮崎駿捨以傳統手繪作法，以兒子宮駿吾郎孩提經驗為出發點，與配樂大師久石讓搭檔，日本票房突破52.2億元台幣。

講述一個男孩宗介與金魚公主－波妞（Ponyo）邂逅的故事。

海邊的小村莊，五歲的宗介住在山崖上，一棟面海的房子，他的父親長期在海上工作，母親則是在當地的安養院工作。一天，宗介在山崖下岩石遍佈的海灘上玩耍，撿回了一隻被困在玻璃瓶裡的金魚公主－波妞（Ponyo），宗介救回了她，把她養在一個綠色的塑膠水桶裡。

宗介跟波妞說：「別擔心，我會保護妳、好好照顧妳！」

但波妞的魔法師父親─藤本，卻不顧波妞的意思，逼著她回到海裡，心意已決要變成人類的波妞，違背父親離家出走，並且把父親珍藏的「生命之水」倒到海水裡。

於是，海平面上升，波妞的妹妹們都變成了魚形的巨大海浪吞噬了宗介住的小鎮，還差點連宗介山崖上的住家都波及。究竟波妞會不會變成人類，還是將化為海裡的泡沫？

本片由宮崎駿執導，以傳統手繪方式製作，光手繪稿即高達十七萬張以上，高齡六十七的宮崎駿也坦言，這可能是他最後一部作品。請來日劇「長假」女主角山口智子為宗介媽媽配音，長島一茂（父親是日本棒球名人長島茂雄）為宗介爸爸配音，波妞海神媽媽則交由天海佑希配音，兩位主角波妞與宗介，則是新人女童奈良柚莉與男童土井洋輝。

故事靈感來自宮崎駿長子，也就是曾執導《地海戰記》的宮崎吾郎5歲時於瀨戶內海渡假發生的事情。事實上，一直忙於工作的宮崎駿，與長子宮崎吾郎的關係並不和諧，加上宮崎駿對《地海戰記》的不滿評價，讓兩人始終處於冷戰狀態，宮崎駿正如片中一直遠航的父親對親人疏於照料，《崖上的波妞》可說是宮崎駿的親情反省之作。

宮崎駿在片中做了許多突破，包括五花八門的海底世界及有眼睛的海浪等，他說：「其實每次我創作前設定的觀眾，多是5到10歲的小朋友。別小看這些幼齡的小孩，他們其實充滿靈性。」