《初始協定》故事描述一台飛機上數百名旅客與空服人員遭殺害，而美國高科技防禦飛彈落入了歹徒手中，玩家必須採取祕密行動、來找出歹徒，解決國家的危難。玩家身為特務份子，將面臨眾多的選擇，比方說應該讓恐怖份子存活、以便跟蹤對方來找出恐怖份子的根據地，或是乾脆消滅對方、以免未來對方可能對主角造成威脅。

　　強調角色與環境的互動，隨著玩家選擇的回答言辭與採取的行動，將會為玩家所遇到的盟友或敵人產生關係變化，玩家的行動後果都會反應在遊戲世界中，並且逐步揭開新的任務，甚至也會影響玩家取得新的武器，玩家必須自己決定該信任的對象以及時機，比方說該讓這個恐怖份子逃脫以便追蹤他的巢穴，或者是直接消滅以免對方未來造成危害；身為特務份子，玩家將可以學會多種致命的戰鬥技巧與射擊能力。

　　遊戲結合了眾多城市的場景，包括台北、莫斯科、沙烏地阿拉伯、羅馬等，玩家未來有機會在遊戲中看到台北捷運的場景。