明天啟七年，北鎮撫司錦衣衛沈煉（張震 飾）在一次掃除亂黨任務中，為救畫師北齋（楊冪 飾），將同僚淩雲鎧（武強 飾）滅口。此後一方麵要擺脫來自陸文昭（張譯 飾）、裴綸（雷佳音 飾）的質疑與調查，一方麵又在神秘女子的要挾下放火燒了錦衣衛經曆司。裹挾在亂世，沈煉與北齋情陷其中，卻越陷越深。而在這一切的背後，巨大陰謀正暗中布局。眾生如螻蟻囿於修羅場，逆鱗之戰，一觸即發……

《神鬼認證》在明朝，張震情牽楊冪，延續第一集特色，從大刀闊斧的武林轉身，遁入宮廷政治迂迴盤轉的高牆深院中，官僚系統裡旁敲側擊更勝暗器聽風辨位，複雜政治心機對壘不讓江湖兵械交鋒，鬥智鬥力，戰到窮途，殺出個武俠電影新天地。