《名偵探柯南》系列電影第13部，本片甫一上映便連續三週勇奪全日本票房冠軍，前五週票房收入更是突破32億日幣，締造了驚人的優異成績。
梅雨季剛結束不久，在東京、神奈川、靜岡、長野等地，連續發生了六起連續殺人案件。由於被害者身邊都遺留著神秘的麻將牌，因此被認定為由同一嫌犯或組織所犯下的大範圍連續殺人事件。這引起警政高層的高度重視並召開搜查會議，包括目暮警官、各縣刑警以及毛利小五郎等人都來參加。

●為什麼要先誘拐被害者，並在其它地方加以殺害？
●麻將牌是誰留下來的？
●被害者在最後留下的神秘話語「七夕…京...」

在找不出這些謎題答案的情況下，會議只好暫告中斷。此時，柯南卻意外發現一名刑警中途離席，而且搭的是黑暗組織成員「琴酒」的車！這黑暗組織就是將高中生工藤新一身體變小的罪魁禍首，而柯南的發現也代表著黑暗組織已滲入搜查會議，難道這些連續殺人案件就是黑暗組織所為？

黑暗組織的成員突然變得異常活躍，香緹與科倫負責妨礙警方的調查，苦艾酒負責追蹤殺人事件的進展。琴酒與伏特加計劃暗殺重要人物，另外還出現一名神秘人物•愛爾蘭。就在警方調查該事件的同時，與柯南、新一有關的帝丹小學及高中卻遭到不明人士入侵。正當柯南察覺黑暗組織的陰影正朝著自己逼近之際。

七夕之日，在7月7日到來前，第七起殺人事件發生了……