在礦山工作的少年巴茲，最大的夢想是找到過世的父親親眼看到的天空之城──拉普達。 有一晚，他救了一位從天空飄降的少女。這個名為希達的女孩是在海盜的追趕下從飛行船掉下來的。海盜看中她身上所佩戴的飛行石，並追她追到了礦山鎮。為了躲避海盜的追趕，巴茲帶著希達跳上礦山火車。不久，前方突然出現了軍隊的裝甲戰車。軍隊的目標也是希達的飛行石。無路可逃的巴茲和希達因而掉進了深遽的礦山谷底。此時，希達所佩戴的飛行石竟發揮了力量救了兩人。
原來飛行石乃天空之城──拉普達王位繼承人的證物。持有這塊飛行石的少女──希達，雖然一度在巴茲的幫助下，逃過這些人的魔掌，但最後還是被抓到軍隊的基地去。
在基地中遭軟禁的希達，無意間喃喃唸出祖母教她的咒語時，一個被保管在基地的機器兵忽然開始復甦。為了保護希達，機器兵大發威力；另一方面，巴茲則獲得了海盜朵拉一家的協助，前往基地救希達。雖然巴茲成功地救出希達，但是在一片混亂中，飛行石卻落入政府特務--穆斯卡手中。
留在海盜飛行船上工作的巴茲和希達，在一次守備時，終於在雲層裡面發現了拉普達。然而，軍隊的飛行船也追蹤到了附近。在軍隊的攻擊下，海盜船遭破壞。巴茲和希達被迫乘著滑翔翼逃脫而出，並降落在拉 |
