銀時因為一次意外，竟被丟入時空隧道，最後到達五年後的世界。然而，五年後的世界一點也不美好，江戶城飽受一種神秘的病毒「白色詛咒」傳播的苦，導致出現在銀時面前的是一座幾乎已成廢墟的江戶城。

百姓們的生活貧困、日子過的痛苦，社會上的能人志士們拋頭顱、灑熱血地對政府發起革命，整個社會的氛圍和秩序是亂七八糟、全然地崩盤。銀時身處在這樣一個令人沮喪的時代當中，不禁感到徬徨與無助；然後，他邂逅了兩位年輕人，他們竟然就是已經成長起來的新八與神樂！接著，銀時看見了一樣讓他難以置信的東西，也就是刻有銀時自己名字的墓碑……。

過去五年來，銀時和這個世界到底發生了什麼事情？銀時又要做些什麼、如何做，才有辦法改變這個沒有銀時、失序又黑暗的「未來」？