在不久的將來，被稱為「使徒」的神秘生物侵襲地球，造成史上空前大災難「第二次衝擊」的發生，半數人類在這場災禍中死亡，經過一段長時間的恢復，平靜的日子似乎也出現曙光...

這時，一名14歲的少年碇真嗣來到第三新東京市，原本應該與父親團聚的他，卻碰上了聯合國軍隊與使徒的交戰，被戰鬥爆風波及的他，幸運的被一名叫「葛美里」的女子所救。

真嗣與葛美里來到特務機關Nerv本部，見到了十年未見的父親，沒想到父親碇源堂只丟下要真嗣駕駛人造人福音戰士－「初號機」的命令...

百般不願又離不開父親的真嗣，在見到負傷仍勇敢戰鬥的女駕駛綾波後，終於決定出擊，但在完全沒有接受訓練的狀況下，首次駕駛EVA初號機的真嗣與使徒陷入了對峙，究竟他要如何戰鬥，隱藏在第二次衝擊中的「人類補完計劃」究竟又是什麼？

《福音戰士新劇場版：序》來自庵野秀明的賣座動畫，之後推出多部劇場版OVA，受歡迎程度可見而知。故事中登場的神秘生物「使徒」，與世界大毀滅的意象，反諷科技進步下人性的迷失與自毀，人與人的關係往往疏離陌生，畫風獨樹一格。由貞本義行擔任角色設計，宇多田光配唱主題曲，CGI導演為鬼塚大輔與小林浩康。

影片在2008年「東京國際動畫影展」中，拿下「年度最佳動畫獎」與「最佳導演獎」兩項大獎，幕後配樂由倫敦國際交響樂團擔綱演出，原聲帶中的26首歌都是重新編曲。相隔十二年重新推出的劇場版，在風格上加入新風格，與新角色，並撰寫了全新的結局。

由庵野秀明的電影製作公司Khara統籌，製作「福音戰士新劇場版」系列作品，將分為四部曲登場。