踏上新冒險之旅的小智與皮卡丘，還有小光、小剛，路途上遇見了楚楚可憐的女性－艾莉絲，並一同前往即將舉辦神奇寶貝華麗大賽，象徵「時空之塔」的白楊鎮。

在白楊鎮，出現了一個來歷不明的神奇寶貝，讓人們與神奇寶貝們昏厥並產生惡夢。鎮裡的名士艾伯特男爵，為了捕捉它而組成了討伐部隊，沒想到，出現的卻是神一般的夢幻神奇寶貝「達克萊伊」。

另一方面，艾莉絲的青梅竹馬科學家－東尼歐，在白楊鎮上發現了時空異變「時空的夾縫」，同時，被稱為神的兩隻神奇寶貝「帝牙盧卡」與「帕路奇犽」也雙雙出現！

絕對不能碰面的兩隻神奇寶貝，帕路奇犽與達克萊伊相遇之時，就連時空都為之撼動，為史上最大戰鬥拉開序幕！