「保衛者（SPRIGGAN）」為一群受顧奧卡摩財團，致力保護超古代文明的特殊工作人員。
御神苗優雖仍只是高中生，他卻已成為保衛者的No.1戰士。「諾亞是你的墳墓」……
當他聽到這句詭異的訊息後，隨即前往位於土耳其的「諾亞方舟」挖掘現場，沒想到卻遭遇美軍秘密部隊「機械化小隊」的阻撓。
這支部隊成員之一的超能力少年馬克多魯，正試圖啟動「諾亞方舟」。
這艘方舟究竟隱藏著什麼秘密？保衛者們經過一番激戰後，又會有什麼結局！？