羅馬諾夫王朝的皇室秘寶「記憶彩蛋」，意外地在日本發現了！就在鈴木財團展出的同時，柯南最強的對手－"怪盜基德"發出"犯案預告信"，宣佈將在眾目睽睽之下，奪取這無價的藝術瑰寶。

柯南、小五郎、平次、灰原哀和蘭一行人，受邀解讀預告信線索，不料發生致命的錯誤！基德成功偷走「記憶彩蛋」之後，途中卻遭神秘殺手狙擊，墜海失蹤。柯南以新型滑板追蹤，驚險奪回「記憶彩蛋」，才發現它的外觀與設計原稿上完全不同，這是究竟怎麼回事！？

怪盜基德生死不明；服部平次身負重傷；彩蛋之謎尚未揭曉；神秘殺手再度行兇；毛利蘭也對柯南(新一)的真實身份起了疑問……名偵探－江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，同時，也是史上最難解的謎團！