柯南一行人在露營的回家途中順道參觀一座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的所有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的一模一樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裡卻出現了多位與此建築物有著不同關係的人士!不久之後第一個殺人事件發生了……

而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裡究竟是跟誰連絡…。而柯南的真正身分會貝那些傢伙發現嗎?且灰原哀真正的身分又是?不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新一喝下毒藥使他身體縮小的兇手——《黑暗組織》展開一場史上最恐怖的攻防戰……