本片為EVA新劇場版四部曲的第三部。在日本上映長達三個月，累計動員人數359萬，票房高達53億日元，榮獲2012年度日本電影總票房排行榜第4位。由摩砂雪、庵野秀明、鶴卷和哉、前田真宏聯合導演。
14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美裡（三石琴乃配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優子配音）和真裡（阪本真綾配音）奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣（緒方惠美配音），但絕對禁止真嗣登上初號機。

感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美配音）登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰（石田彰配音）共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相......