本片是為了紀念連載20周年而製作的特別篇動畫，腳本由執導過日本電影《落KEY人生》的導演「內田健二」擔當，並再度延攬劇場版音樂班底─倉木麻衣，獻唱主題曲「DYNAMITE」。

由於阿笠博士家的浴室在進行整修，柯南於是跟著毛利蘭、灰原哀一同來到大眾澡堂洗澡，卻在澡堂意外滑了一跤而失去意識。這時候，有兩名男子自告奮勇開車載柯南送醫急救，其實他們兩人包括凶惡殺手近藤，當時正好在澡堂秘密完成了某項任務，卻因為對柯南有所顧忌而決定將他帶走。只是當柯南恢復意識醒過來時，卻因跌跤時頭部所受之重擊而喪失了記憶。

另一方面，一位名為香苗的女訪客來到了毛利偵探事務所，目的是委託調查外遇。對美女完全沒抵抗力的小五郎，跟隨香苗一同前往原本從事便利屋的丈夫的工作地點，小五郎也因此看到了香苗丈夫的照片，照片上的人正是近藤……。

失去記憶的柯南、爆彈恐怖事件所帶來的恐慌，以及乏人問津的貧窮演員櫻井又再次被捲入事件中！到最後一刻都不能錯過的好戲，事件的結果將會如何發展下去！？